Les membres des New Directions sont à la croisée des chemins. Après avoir perdu en finale des Nationals l’année dernière, les ragots et les mauvaises langues se délient et Mercedes s'en va t'en guerre contre l'oppression des "stars" au sein du Glee Club. Fatiguée d’être reléguée au second plan, la jeune chanteuse persuade une partie de ses camarades de rejoindre une chorale concurrente, les Trouble Tones, dirigée par la mère biologique de Rachel.
Alors que cette guerre vocale fait rage, les élèves du lycée McKinley commencent à penser à leur avenir. Si Kurt et Rachel rêvent de rentrer à NYADA (la prestigieuse Académie des Arts Dramatiques de New York), encore faut-il y être acceptés ! Pour mettre toutes les chances de leur côté, Rachel participe à une production de West Side Story mise en scène par Artie, tandis que Kurt se présente à l’élection des représentants des élèves, face à… Brittany. Dans le même temps, la coach Sue Sylvester fait, elle, campagne contre le père de Kurt pour être élue au Congrès. Quant à Santana, la pompom girl à la langue bien pendue se demande si elle peut proclamer publiquement son amour pour Brittany.
... et des hommages et clins d’œil
L’épisode intitulé « Michael » célèbre le King of Pop, avec notamment des reprises de « Wanna Be Startin' Somethin' », « Bad », « Scream », « Smooth Criminal » et « Black or White ». L’épisode de Noël se réfère, lui, aux mythiques shows télé dédiés aux fêtes de fin d’année, véritables institutions outre-Atlantique, avec de multiples clins d’œil au « Star Wars Holiday Special» et au « Judy Garland Christmas Special ». Un autre épisode spécial fera briller la gomina, ressortir les pattes d'eph' et la boule à facettes pour une revisite du film Saturday Night Fever.
Un hommage a également été rendu à Whitney Houston, avec l’interprétation de « I Will Always Love You » par Mercedes, dans un épisode diffusé aux États-Unis quelques jours à peine après la disparition de la diva. Hommage qui sera prolongé dans un épisode entier dédiée à l'actrice de Bodyguard, dans lequel les élèves essaieront d'exprimer leurs problèmes du moment à travers ses chansons.
Les premiers gagnants de l’émission de télé-réalité « The Glee Project » ont intégré le casting de la série au début de la saison 3. Les téléspectateurs retrouveront notamment Damian McGinty dans le rôle de Rory Flanagan, un nouveau membre des New Directions qui arrive tout droit d’Irlande (avec un accent à couper au couteau) et Samuel Larson, hippie grenouille de bénitier qui va (SPOILER) faire craquer Quinn (FIN SPOILER).